Aチャート画面 Bチャート画面 各々に
 ProEX + ProLineT + Sync3 を同時使用場合の質問です
 Aチャート画面(タッチ決済設定) Bチャート画面(終値確定決済設定)
 Aチャート画面で引いたトレンドラインはタッチ決済するのはわかります
 Bチャート画面で引いたトレンドラインは終値確定決済するのもわかります
 Aチャート画面で引いたトレンドライン(タッチ決済)が
 Bチャート画面にシンクロ表示された場合のトレンドラインは
 終値確定決済ラインになる
 という解釈でよろしいでしょうか?
 それとも
 Aチャート画面で引いたトレンドライン(タッチ決済)の機能条件がそのままシンクロされてBチャート画面上でもタッチ決済してしまうのでしょうか?(多分後者の解釈は誤りだとは思いますが・・・)

シンクロで自動作成されたラインは、その自動生成が行われたチャート画面上の指定に従います。
トレンドラインをAで作成し、シンクロラインがBに自動生成され場合、Aのトレンドラインには、A画面に導入のProLineTの設定が適用され、シンクロラインにはB画面に導入のProLineTの設定が適用されます。
また、シンクロ生成されたラインはスイッチがOFFかと思いますので(1)のご質問のとおりアラート自体が鳴ならない筈です。
デモ口座で挙動を試してみると解りやすいと思います。
 
尚、購入ページなどに記載済ですが、 ProEX + Sync3 の組み合わせのみ、非推奨となっています。
※同一チャート上でなければ問題ありません。